8月上旬に投稿していた論文が返ってきた．こまごまとあちこち突っ込まれまくっとりますな．まあ仕方がないので一つ一つやっつけて，早めに返そう．

GeoDisを使ってのPermutation Test，結構苦労してinput fileを作ったのだが，ボスに「それは違いますよ」とあっさり言われてしまった．同じようなことをしているZさんの論文のTableを見たときに，何か違いそうとは思ったのだけど，「とりあえず一回やってみ…

計測のために地下の標本庫から実験室に持ってきてあったサンプルだが，個別のユニパックに入れたりとか，飼育部屋に置いたあったのを持ってきたりとかしているうちに，元のケースには収まり切らなくなってしまった． そのため，まずはコーナンへケースを買い…

Mac版のJMP 6.0.2だが，強制終了発生しまくりで使い物にならない．セルに数字を入力するだけで落ちるってどういうことだよ．結局そのファイルは捨てて新たに作り直したけど，やっぱり別のところで落ちる．OS9のころの常識，「こまめにセーブする」というワザ…

形態計測したデータをエクセルに入力中．これだけで一日かかってるよ……．なんか目が疲れてしょぼしょぼする．涙（水分？）が足りない感じ．今まで目薬がほしいと思ったことがほとんどなかったんだけど，やっと目薬さす人の気持ちが理解できた．

やっとStatusが変わっていた．いつまであのままなんだろうとやきもきしていたので，少しほっとした．

先週木曜日のミーティングで、「１集団あたりの個体数が少なすぎる、測れるサンプルがあるなら測れ！」とボスに言われたので、追加で計測。「いつまで計測にかかってるんだ、一晩で10個体しか測れてないんじゃないだろうな」と言われて、「まさか、そんな少…

authorに「Japan Meteorological Agency」と入れていたら，文献リストの出力で「Agency, J.M.」となって弱った．「Japan Meteorological Agency,」のように最後にカンマを入れればいいらしい．

サンプリング地点がどういう環境だったか（主に植生−森林・疎林・草地など）が必要なんだけど，全然思い出せない．人の記憶ってあてにならないものだ．フィールドノートを引っ張り出してみると，「林道沿い地蔵さん」だの「林道沿い大木」といったメモを書い…

三次メッシュごとの年平均気温や降水量の推定値がわかるメッシュ気候値2000年．データはcsvで入っている．経度緯度から検索するソフトは付属しているものの，三次メッシュから調べるにはcsvの方を検索するしかない．しかし，csvファイルは多数のファイルに分…

migrateというソフトをコンパイルしたのでメモ． まず，Mac OS X上で普通にmakeしようとすると，以下のエラーが出るようだ． $ CC=icc ./configure ... $ make ... IPO link: can not find "crt0.o" icc: error: problem during multi-file optimization com…

研究室に系統解析用マシンとしてMac mini (Core Duo 1.66GHz) がやってきた。ということで、昨日あたりにngt氏がセットアップしてくれて、さっそくMrBayesで計算させてみたらしい。 が……iMac G5の1/4しか速度が出なかったとのこと。なんでもG5用のバイナリを…

論文を投稿した．はやくいい返事が帰ってくるといいな〜Zoological scienceへの投稿では，FigureはTIF，EPS，PSD，AI形式が推奨されている．ところがillustrator 10で保存したAIのファイル（カラーモードはCMYK）をアップロードしたところ，"Failed to conve…

また突っ返されてしまいました．locationが違うだろうって．でも，登録されているデータによってITS2と28Sの切れ目が違うんですけどどれを信用すればいいんですか？登録者は同じD氏 and C氏なんですけど……＞AY251833らへんとAY829584らへん．

Arlequinという解析ソフトを引用するために，起動してバージョンを調べようとした．ところがCドライブが2月時点にロールバックした影響か，JavaのVMがどうたらというエラーが出て起動しなくなっていた．Arlequinのウェブサイト http://lgb.unige.ch/arlequin/…

研究室の人に頼まれて（何の研究かは一応ヒミツ），リター層から微小貝のソーティング．瓜生からはほとんど何も出てこなかった．あそこは花崗岩で何となくダメっぽい雰囲気ではある．吉田山からはPunctumが10個体くらいと鼈甲の類が死殻を含めて数個体．Punc…

ボスから論文の原稿が帰ってきた（というか昨日のうちにメールで送られてきていた）．またまた自分の論文じゃないみたいに見違えるように素晴らしい原稿なっていた．ただ解析をやり直さないといけない部分があって，また「今日はもう帰るけど改訂稿をメール…

やっとこさ論文の改訂稿をボスに提出．するとその場で見てくれて，「resultのココはおかしいよね．解析結果が変わっているのに文章はそのままやんか．」と指摘された．「じゃあ明日見るから，朝までに訂正してメールしておいて．」 でも提出してほっと一息つ…

zoological scienceの投稿規定に， Use downloadable output style files for these softwares (see http://www.jstage.jst.go.jp/browse/zsj/-char/en) と書いてある．この"these softwares"というのはEndnoteなどのソフトのことなのだが，そのスタイルをダ…

面白いサンプルを送ってもらった．殻の特徴からはA種なんだけど軟体部の特徴からはB種というもの．可能性はいくつかある． 単にA種の軟体部の種内変異．これまでA種はその特徴を持たないといわれていたけど，間違っていた． 交雑によって両種の特徴をあわせ…

geodisのインプットファイルができたので，geodisで解析．そして出てきたアウトプットファイルをもとに，"Inference Key"と照らし合わせてクレードごとに結果を解釈していく．しかし，正直言ってこの作業がつまらなくて辛いのだ．さらに行き着く結果が "Samp…

ネットワークの構築にはまり中．といっても，コンピュータの話ではなくて，ハプロタイプのネットワーク． Nested clade analysis (NCA) をやるためなんだけど，このnesting（階層分け）のルールが難解で，かつ巷にあるNCAを使った論文で行われている方法と違…

2時間ほど睡眠をとって（起きても30分くらいぼーっとして），学校でシャワーを浴びて，準備に復帰．何とかゼミ開始時間ギリギリに終わらせた． 発表はパワーポイントのスライド18枚で40分くらいしゃべったかな．いらんことを細かくしゃべりすぎた部分がある…

NCAをやるために，まずはTCSでネットワークを描く．くそー，なんだこのループは．以前はまともなpictが作れなかったのに比べれば最低限の出力ができるようになったとはいえ，TCSの出力はそのままでは使い物にならないので，イラストレーターで描き直し．で，…

サンプリング地点の地図を作製するのは，結構時間のかかる大変な作業である．以前は地図をトレースしたりしていた時期もあったが，最近はMAPIO PROの白地図を利用している．売り物だけあって，なかなか使い勝手がよい． １本目の論文では道路地図などで市町…

現在ボスが出張中で，「帰ってくるまでに２本目を書いておくように」というお達しなので，２本目の論文に手をつける．まず，採集地点の表を作成する．前回よりは地点数が少ないとは言え，解析個体数の割に地点が多いので大変．さて，人からもらったサンプル…

困った．図のlegendに書くために生殖器官の各部の英語名称が知りたいんだけど，何を調べれば載っているか忘れてしまった．本文を書くときに一度調べたはずなのだが……．やはりちょっとしたことでもどこかにメモを取りながら書いた方がいいのかな． Terrestria…

ネット上でも論文でも，済州島をChejuと書いたりJejuと書いたりと，統一されてないのよね．これぞ決定版という地図があればいいんだけど．研究室にあった大きな世界地図は行方不明だし．対馬海峡も，日本では九州と朝鮮半島の間を対馬海峡と呼ぶが，Wikipedi…

重回帰の標準偏回帰係数を求めるために，ちまちまと電卓で計算したりしていたのだが，どうにも面倒くさい．それに，本当にそれで合っているのか不安な部分もある．ググってみるとSPSSでなら出力されるようだったので，メディアセンターの教育用端末にインス…

proxy proxyが必要な場合は，起動時に --internet2 という引数をつける http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/08.htmlより Sys.putenv("http_proxy"="http://プロキシーの IP アドレス:ポート番号") を実行と書いてあるページもあったが*1，うまく…