FreeBSDでphymlを実行する
系統解析ソフトのphymlだが,Linux用ならバイナリが用意されている*1.FreeBSDでもLinuxバイナリは実行可能なので,ダウンロードして実行したところ,
ELF binary type "0" not known. ./phyml_linux: Exec format error. 間違ったアーキテクチャです.
とエラーになった.エラーメッセージで検索したところ,ヤマケン/環境構築メモ - Walrus, Visitというページで解決策が示されていた.
brandelf -t Linux phyml_linux
で動くようになった.でもman brandelfしても何言ってるのかよくわからなかった……
これで例のスクリプトが動くようになりました.入力ファイルの改行コードがLFじゃないと動かない問題にハマりました……(学習能力ないなあ>自分).あとOTU名に'_'(アンダースコア)を使っているサンプルがあって,FASTA形式に変換する段階でおかしくなっていました(使えないんだっけ?).
*1:ソースはメールで問い合わせないといけない