蝸牛の歩み

蝸牛の如く,ゆっくりでも着実に前へ・・・

FreeBSDでphymlを実行する

系統解析ソフトのphymlだが,Linux用ならバイナリが用意されている*1FreeBSDでもLinuxバイナリは実行可能なので,ダウンロードして実行したところ,

ELF binary type "0" not known.
./phyml_linux: Exec format error. 間違ったアーキテクチャです.

とエラーになった.エラーメッセージで検索したところ,ヤマケン/環境構築メモ - Walrus, Visitというページで解決策が示されていた.

 brandelf -t Linux phyml_linux

で動くようになった.でもman brandelfしても何言ってるのかよくわからなかった……
これで例のスクリプトが動くようになりました.入力ファイルの改行コードがLFじゃないと動かない問題にハマりました……(学習能力ないなあ>自分).あとOTU名に'_'(アンダースコア)を使っているサンプルがあって,FASTA形式に変換する段階でおかしくなっていました(使えないんだっけ?).

*1:ソースはメールで問い合わせないといけない