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バイトの日．テンプレートエンジンについて調査．ウェブアプリケーションのプログラムとデザインを分離するためのものだという．perl，ruby，phpなど各種言語用にさまざまなエンジンが存在する．仕様はばらばらっぽい．詳しくは http://www.php-j.com/tutorial/php/template.php あたりを読むとイメージがつかめると思う．次に何か開発するときには覚えておくと良さそう．
解析
MrBayesでGTR+I+G，GTR+SS，GTR+I+G+SSと意味があるのかわからないが３通りの計算を行い，結果が出そろった．系統樹は似たり寄ったりだが，GTR+I+G+SSは解像度がよろしくない．GTR+I+Gはコドンごとに分けてないので却下．というわけで，GTR+SSを採用したい*1．お隣研究室のゼミのレジュメを見返すと「不均質の構造がa prioriに仮定できる場合」はこれでよさそう．あとでベイズを使っている論文をチェックすべし．
さて次はMPだが，普通にやってたら計算が終わりそうにない．save max treeを10000にしてみたが，こんなのアリなのか？やはりratchetだな．今までどおりWincladaを使うか，PAUPRatを使ってみるか．お，TNTが最終兵器ですか．Wincladaはどう設定すればいいのかがよくわからなくて不安だったので，Wincladaを引用している論文を見てみよう．
しかしゼミ発表にはベイズか何かの系統樹１つで十分だろう．MPだのMLだのとやる前に，もっと別の準備をした方がいい気がしてきた．
*1:追記：LnLをチェックしたらこれが一番高かった．よって妥当であろう．
