Treefinder

Treefinderでコドンごとに分割する方法について．NEXUSに関する論文（Maddison et. al. 1997）をコピーして読んでみたり，jadでTreefinderのclassファイルを逆コンパイルしてみたりしていたところ，NGTくんが良い情報を教えてくれた．大感謝．A new version of TREEFINDERにあるように，

filter 123123123123
seq1   TCAGTCAGTCAG
seq2   TCAGTCGGTCAG
seq3   TCAGTTAGTCAG

というように，"filter"というのを定義すればいいらしい．わかってみれば，マニュアルの"Digits are reserved for filters, which are special sequences consisting solely of digits and which define partitions (site-classes) in data matrix."という意味が理解できる．いや，でも，しかし，このマニュアルの記述は不親切に過ぎると思う．また，example dataやマニュアルの"THE TEXT EDITOR"の説明の図にはfilterを使ったデータが書いてあった．でもこれってNEXUSフォーマットじゃなくなってるのでは？ほかにもこの定義法使ってるソフトあるの？

前バージョンではダイアログの「Distinguish Codon Posision」というのにチェックするだけで簡単に設定できたのに，なんでこんなややこしくなってしまったのだろう．