蝸牛の歩み

蝸牛の如く,ゆっくりでも着実に前へ・・・

2005-06-06から1日間の記事一覧

モデル選択

MrModeltestだとGTR+I+Gが選択される.しかしGTR+Site Specificの方がいいのか?10000世代目のLnLはGTR+I+Gが-5665.719,GTR+SSが-6139.637なので,GTR+I+Gの方がよいらしい.あるいはSite-Specific Rateなモデルも含めたモデル選択というのをやるべきなのか…

速度比較

さて,MrModeltestの実行にはMacが必要だったが(Mac版のPAUP*しかないため),MrBayesによる実際の解析はMacでもWindowsでもUNIXでも行える.どのマシンで解析を行うか決めるために,速度の比較をしてみた.僕のデータファイルで10000世代の計算をさせた場…

研究

研究室の共用Macがなかなか空かないので,HKD先生からの借り物Macで解析をすることにして,ソフトをインストールした.今共用Macを占有している人に対して,「自分のMacがある人は自分のでやればいいのに」などと思っていたのだが,よく考えると自分もiBook…

唐辛子の発芽

今研究室の窓際で野菜を育てている.ハバネロ(コンビニで売っていたハバネロ栽培キット),コリアンダーはすでに本葉が出ているが,同時期に蒔いた唐辛子(WTNB先生にもらったもの)だけがなかなか芽が出なかった.しかし6月に入ってようやく芽が出てきた…