速度比較

さて，MrModeltestの実行にはMacが必要だったが（Mac版のPAUP*しかないため），MrBayesによる実際の解析はMacでもWindowsでもUNIXでも行える．どのマシンで解析を行うか決めるために，速度の比較をしてみた．僕のデータファイルで10000世代の計算をさせた場合，

• iBook(G3 600MHz)： 609 seconds.
• Windows(Athlon XP 1800+): 182 seconds.
• FreeBSD(Pen4 2.4G): 151 seconds.

という結果になった．やはりCPUの速度に依存して速くなっている．しかしFreeBSDは研究室のウェブ＋メールサーバ．もしサーバの機能に影響なさそうだったら裏で計算させてやろう．
ところで，FreeBSDでmakeする際にエラーに遭遇した．

"Makefile", line 27: Missing dependency operator
(略)
"Makefile", line 70: Need an operator
make: fatal errors encountered -- cannot continue

makeではなくgmakeを使用することで回避できた．うちの/usr/bin/makeが何か変なんだろうか？ちなみにバージョンはFreeBSD 5.3-RELEASE-p15．