今研究室の窓際で野菜を育てている.ハバネロ(コンビニで売っていたハバネロ栽培キット),コリアンダーはすでに本葉が出ているが,同時期に蒔いた唐辛子(WTNB先生にもらったもの)だけがなかなか芽が出なかった.しかし6月に入ってようやく芽が出てきた.ちゃんと実がなるといいな.
速度比較
さて,MrModeltestの実行にはMacが必要だったが(Mac版のPAUP*しかないため),MrBayesによる実際の解析はMacでもWindowsでもUNIXでも行える.どのマシンで解析を行うか決めるために,速度の比較をしてみた.僕のデータファイルで10000世代の計算をさせた場合,
- iBook(G3 600MHz): 609 seconds.
- Windows(Athlon XP 1800+): 182 seconds.
- FreeBSD(Pen4 2.4G): 151 seconds.
という結果になった.やはりCPUの速度に依存して速くなっている.しかしFreeBSDは研究室のウェブ+メールサーバ.もしサーバの機能に影響なさそうだったら裏で計算させてやろう.
ところで,FreeBSDでmakeする際にエラーに遭遇した.
"Makefile", line 27: Missing dependency operator
(略)
"Makefile", line 70: Need an operator
make: fatal errors encountered -- cannot continue
makeではなくgmakeを使用することで回避できた.うちの/usr/bin/makeが何か変なんだろうか?ちなみにバージョンはFreeBSD 5.3-RELEASE-p15.
モデル選択
MrModeltestだとGTR+I+Gが選択される.しかしGTR+Site Specificの方がいいのか?10000世代目のLnLはGTR+I+Gが-5665.719,GTR+SSが-6139.637なので,GTR+I+Gの方がよいらしい.あるいはSite-Specific Rateなモデルも含めたモデル選択というのをやるべきなのか?この辺は明日にしよう.