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やっと学会準備に取りかかれる．といっても日曜にやったシーケンスのアライメントと解析である．ミトコンのデータはすでにあるので，核のデータを追加しようと思ったのだが，いざアライメントしてみるとインデルが入りまくっていて，使えるデータはほんの一部．結局ITS1とITS2という２つの領域のうち，ITS1はサンプル数が少なすぎて使えなさげ．ITS2の方だけだと(ギャップを含めて)529bpとやや短い．NJやMPで系統樹を描いてみたのだが，かなり悩ましい結果になった．このままじゃ発表には使えん．時間があれば波形データを見直すとか，ベイズをやるとかあるのだが，後回しっ．
ちなみに，POYでdirect optimizationをやってみようかと思い，ダウンロードしたりリファレンスを印刷したりしたのだが，今回のごく近縁種のデータセットではalignment ambiguousな領域はないので無意味なのであった．