解析（MrBayes）

今日大学へ来てみると解析が終わっていた．データはOTUが127，塩基が752で，世代数は200万世代やって，AthlonXP 1800+で49.6時間かかった．しかし最後の最後にエラーが……

Setting plot filename to GTRIG.p
Plotting parameters in file GTRIG.p
Could not open file "GTRIG.p"
Error in command "Plot"
Error in command "Execute"

予備試行時はplotできたのに，と思ったら，"plot GTRIG.run1.p"および"plot GTRIG.run2.p"としなければいけないようだ（nruns=2だとpファイルの名前が違う）．また，マニュアルを読むとplotは載っていなくて，代わりにsumpコマンドを使うべしということのようだ．sumpだとpファイルの名前を指定しなくてもよく，"sump burin=2000"などと実行すればよい．
次にtreeはできているっぽいのでsumtで合意樹を作成しようとするも

Problem reallocating numFoundInRunOfPart (42400)
Error in command "Tree"
Error in command "Sumt"

となる．この49.6時間がパーかぁ，と思ったのだが，もう一度sumtを実行したらエラー無く実行できた．何だったのだ？
さてtreeファイルができたのだが，Windowsだと何で見たらいいのだろう．TreeViewもTreeViewXも文字が重なったりして美しくないし，Mesquiteは操作系がよくわからない．MNKさんのページを参考に何とか系統樹の表示まではこぎつけたものの行き詰まる（枝長を反映させるにはどうするんだろう）．PAPU*に持っていくしかないか．