UNIX用のソフトをMacOSXで動かすときの落とし穴
UNIX用の系統解析ソフトを使うとき，自分は FreeBSD 上で実行するからいいのだが，研究室のヒトビトはMacOSXのターミナル上で動かしている．ところが，「動かない」と言って助けを求められることが何度かあった．UNIXの基礎的な使い方の問題，例えば「カレントディレクトリにあるソフトを動かすには ./filename のように ./ をつける」だとすぐ解決する．
ところが，なかなか気づきにくいのが改行コードの問題．Macで入力ファイルを作ると改行コードはCR(0x0d, \r)なのだが，UNIXのソフト*1は改行がLF(0x0a, \n)であることを期待している．そのせいで入力ファイルがうまく読み込めず，途中で解析が止まってしまう．でも入力ファイルをいくら矯めつ眇めつしても，テキストエディタがCRでもLFでも改行として扱ってくれるので，改行コードがおかしいとは気づけない．ひょっとして，とひらめいて保存形式を変えてやると動くので，初めて「そういうことかぁ」となるのだ．
今日はさらに妙な入力ファイルにでくわした．YMMTくんが Word で作ったというファイルなのだが，１つのファイルの中に LF と CR が混在していた．ターミナル上で hexdump -C inputfile とやって気づいた．一体どうやって作ったのだね，こんなファイルを・・・
