ネットワーク

ネットワークの構築にはまり中．といっても，コンピュータの話ではなくて，ハプロタイプのネットワーク．
Nested clade analysis (NCA) をやるためなんだけど，このnesting（階層分け）のルールが難解で，かつ巷にあるNCAを使った論文で行われている方法と違うという．何ともかんとも．26日に階層分けまでできたようなことを書いているが，この階層分けを間違うと当然のことながら後の結果が変わってくるので，その後論文を読んで勉強したり，試行錯誤していたのよね．
そして，やっとgeodisの入力ファイルを作成するところまでこぎつけた．これは人間が手作業でやるもんじゃないな，ということで1-step cladeの段階まではスクリプトで集計させた．でも上位階層は手作業．ngtさんはExcelのpivot tableを使っているということでデモしてもらったけど，確かにあれはいいなぁ．
さて，ngtさんにネットワークを見てもらったところ，nestingの不備が発覚．がーん．入力ファイルの書き直しって大変なのにー．今後も改訂することもあるかも知れないし，スクリプトを書き直して最後まで自動化できるようにしようかな（Clade名だけは最初にExcelにでも入力しておく必要があるけど）．