Treefinder

treefinderの新しいバージョンJune 2005が出ていたのでダウンロード．設定方法が前バージョンと変わっているようだ．
ModeltestではTVM+I+Gが選択されたのだが，Treefinderではどう設定するかわからない．そもそもTVMというのが何かすらわからなかったので，Modeltestのマニュアルを読む．

Some models have no reference (TNef, K81uf, TIMef, TIM, TVMef, TVM), they are just some variations of some existing models, and they were no developed, only named, by D. Posada.

えっと，TVMというのはPosadaさんが勝手に名前をつけたんですか？TVMとは，"Transversinal model"の略．Substitution ratesが"a, c, d, f, b=e"ということで，TransitionのSubstitution rateが等しいモデルなんだそうな．
で，Treefinderで"TVM[Optimum,Empirical]:G[Optimum]:4"とする．最初の名前以外はHKY+I+GとかGTR+I+Gと一緒やん．最後の4というのは，ガンマ分布をいくつ重ねるかという数で(ホンマ？)，Ziheng Yangさんが4がいいと言っているらしい．
ダメっぽい．

!!!ReconstructPhylogeny: Bad substitution model.

とエラーになる．モデルってリストの中から選ぶしかないのね．ということは最も近いGTR+I+Gか，ModeltestのBICで選択されたHKY+I+Gか．
あと，コドンごとにPartition分割するには，NEXUSファイルに書くのかな？でもPAUPブロックは読まないみたいやし．DataのとこでAdvanced...ボタンをクリックして設定してもNo Partition Defined.と言われるし．うーん．