treefinder

Javaで書かれた系統樹作成ソフトなのだが，起動できるPCとできないPCがあって困っていた．自分のWin2000では×，共用WinXPでも×，実験室WinXPでは○．少ないサンプル数ながら共通点があることに気づいた．起動できないPCには古いバージョンのtreefinderがすでにインストールされたいた．さらに，ユーザー環境変数 TFDIR が設定されていた．自分のWin2000の場合，これが新しい treefinder のインストール先ディレクトリと一致していなかったのが起動しない原因だったようで，この TFDIR を削除したら起動するようになった．ちなみに treefinder-december2004 ではシステム環境変数を使うようになった，のかな？ちゃんと検証したわけじゃないので間違ってるかも．なお環境変数は，マイコンピュータを右クリック＞プロパティ＞詳細のあたり．
しかし起動はしたし，系統樹もできたけど，bootstrapをかけると107回でReconstructPhylogeny: Optimization failed.と言って止まってしまった．Javaのバージョンは最新の1.5.03_03にしてあるのだが．やはりダメなのか．大丈夫という人もいるが，サンプルデータでOTUが少ないのではないかと．