系統樹をチェックしていたら一つ不整合を見つけてしまって，実験ノートなどを確認したら番号のつけ間違いであることが判明した．さらに調べたところ，そのサンプルは解析から除外すべきだった．はい，解析やり直し〜というわけで，TreefinderとMrBayesで計算…

ここに書くのは恥ずかしい失敗なのだが，一応メモ．Treefinderで系統樹（treeファイル）を作成し，それをPAUP*で読み込んでpictを作成しようとした．ちなみにTreefinderで保存するときには「With Edge Support」だとPAUP*で読み込めないみたい． ところが，…

multidivtimeをパラメターを変更して再実行。前回はサーバのFreeBSDマシンと共用のMac OS Xマシンで実行したのだが、MacのCPUが1.25GHzと遅いために4日近くかかったので、今回は共用のWindowsマシンを使うことに。 前回書いたとおりmultidivtime.cのMAXNODE…

Bayes法を使って分岐年代推定を行うことができるmultidivtimeで計算をさせた．このソフトによる解析を行うには，日本語だと井上潤さんのmultidistributeの使い方が，英語ではBayesian molecular dating using PAML/multidivtime(pdf)がとても参考になる．し…

今日もperlでスクリプト書き．コメントをいただいたhiroさんはrubyがお薦めだというが，rubyは何となく敷居が高いのよね．某バイト先ではrubyのスクリプトのメンテもしたことがあるので，全く分からないわけではないのだけど． その某バイト先では，そろそろ…

この話は以前も書いたかも知れないけど…… 今までは，論文や学会発表などの図でハプロタイプ名をつけるときには，系統樹上で上から順に番号をふっていた．読む側にとっての利便性を考えてのことである．ところがこの方法だと手元で管理している番号と一致して…

地点ごとに見られたハプロタイプの数をtableにするため，perlでちょこちょことスクリプトを書いてみた．個体−採集地のcsvファイルと，ハプロタイプ−個体のcsvファイルから，採集地−ハプロタイプリストを作るというもの．本当はハプロタイプを集計した方がい…

TempletonとILDと何やらと３つtestがあるらしい。どれを使えばいいんだ？とりあえず論文読も。先生に聞くのが早い気もするが。

系統解析ソフトのphymlだが，Linux用ならバイナリが用意されている*1．FreeBSDでもLinuxバイナリは実行可能なので，ダウンロードして実行したところ， ELF binary type "0" not known. ./phyml_linux: Exec format error. 間違ったアーキテクチャです.とエラ…

意外にもなかなか調子がよかった。いくつか歯抜けになっているレーンもあったが、全体的によく反応していて「dyeの量いくらでやったんですか」と聞かれてしまった。ひとつにはdyeが買いたてで新鮮だったというのもあるかもしれない。あるいは精製法が変わっ…

３日前から分子実験を再開している。解析結果を詳細に検討していたらどうも妙な結果が出ていて「これはサンプルの取り違えでは。というかむしろ取り違えであってくれ。」という感じだったり、あとは外群が不適切なものしかシーケンスしていなかったので（っ…

やろうと思ってやり残していた解析があるのに気づいた．その解析のために，サンプリング地点の標高調査．100ヶ所以上でサンプリングしているので，なかなか面倒な作業である．方法は２つくらいあって，一つは５万分の１の地形図から読みとる方法．もう一つは…

プライマーに関する文献を求めて農学部図書室へ．建物が工事中でいつもの出口が使えないという話は聞いていたのだが，確か東側から入ればいいはずと思ったら，図書室へ直接行けなくてぐるっと北側まで迂回しなければならなかった．農学部の建物は異様に大き…

いつ頃噴火があって，それによって生物相にどのくらいの影響があったのか，に関するメモ その前に地質の論文を読んでいてややこしいのが年代の表記．C14年代，U-Th（ウラン−トリウム）年代，暦年代（cal.BP = calibrated calendar years before present, cal…

日本と朝鮮半島ないし大陸の間でいつごろ陸橋が形成されていたかという話．京都での魚類学会で地質屋さんが発表してたらしいので，あとでW助教授にどういう内容だったか教えてもらわねば．なんでも最終氷期に陸橋ができなかったのは確からしいとか． 以下は…

昨日(というか今朝)帰る前にbootstrapをスタートさせて帰ったのだが，大学に来てみると31回目．それから10時間くらいして35回目．止まっているわけじゃないみたいなんだけど，だんだんスローダウンしている(謎)．この調子では終わらない予感．そしてさっきDV…

Treefinderでコドンごとに分割する方法について．NEXUSに関する論文（Maddison et. al. 1997）をコピーして読んでみたり，jadでTreefinderのclassファイルを逆コンパイルしてみたりしていたところ，NGTくんが良い情報を教えてくれた．大感謝．A new version …

treefinderの新しいバージョンJune 2005が出ていたのでダウンロード．設定方法が前バージョンと変わっているようだ． ModeltestではTVM+I+Gが選択されたのだが，Treefinderではどう設定するかわからない．そもそもTVMというのが何かすらわからなかったので，…

Modeltest3.7でモデル選択やりなおし．結局TVM+I+Gで変化無し，と．BICは勝手には計算してくれないのねー．Argumentのとこに「-b -nサンプルサイズ」を指定．このサンプルサイズについて，ドキュメントによると-- One could use the number of characters or…

Javaで書かれた系統樹作成ソフトなのだが，起動できるPCとできないPCがあって困っていた．自分のWin2000では×，共用WinXPでも×，実験室WinXPでは○．少ないサンプル数ながら共通点があることに気づいた．起動できないPCには古いバージョンのtreefinderがすで…

失速中．集中力がない．昨日の晩，「何だか頭が熱いなぁ．熱っぽいというのとは違うし．CPUと一緒で頭を使いすぎるとオーバーヒートするんかいな」と言っていたのだが，帰宅して体温を計ると36.9度．今朝起きても36.9度．微熱があるようなないような．今熱を…

MrBayesでGTR+I+G，GTR+SS，GTR+I+G+SSと意味があるのかわからないが３通りの計算を行い，結果が出そろった．系統樹は似たり寄ったりだが，GTR+I+G+SSは解像度がよろしくない．GTR+I+Gはコドンごとに分けてないので却下．というわけで，GTR+SSを採用したい*1…

今日大学へ来てみると解析が終わっていた．データはOTUが127，塩基が752で，世代数は200万世代やって，AthlonXP 1800+で49.6時間かかった．しかし最後の最後にエラーが…… Setting plot filename to GTRIG.p Plotting parameters in file GTRIG.p Could not o…

どうも計算違いをしていたらしく，15時間程度で終わるつもりだった計算が２日たってもまだ終わらない．nruns=1で予備試行したのに本番はnrun=2なのを忘れていたのだが，それでも30時間で終わるはずなのに……．

MrModeltestだとGTR+I+Gが選択される．しかしGTR+Site Specificの方がいいのか？10000世代目のLnLはGTR+I+Gが-5665.719，GTR+SSが-6139.637なので，GTR+I+Gの方がよいらしい．あるいはSite-Specific Rateなモデルも含めたモデル選択というのをやるべきなのか…

さて，MrModeltestの実行にはMacが必要だったが（Mac版のPAUP*しかないため），MrBayesによる実際の解析はMacでもWindowsでもUNIXでも行える．どのマシンで解析を行うか決めるために，速度の比較をしてみた．僕のデータファイルで10000世代の計算をさせた場…

やっと某原稿の図を書き直して送った．OTUが150くらいの系統樹を１ページにしてたら，文字がつぶれるから掲載できないといって突き返されたので，イラストレータ上で枝をハサミで切って２つに分割した．おおまかな種間の系統樹とその一部を拡大した系統樹に…